検察は前日開かれた令状実質審査で、計4時間50分余りを割いてソ前室長の拘束の必要性を主張した。ソ前室長の弁護を担当した李碩洙（イ・ソクス）弁護士によると、検察は最近、文前大統領が国会で立場文を代読するよう指示したり、ソ前室長側が容疑を頑強に否認している点を挙げ、証拠隠滅の恐れがあるという点を強調した。同日の令状審査（逮捕状を発行するかどうかの審査）は計10時間10分余り行われ、歴代最長記録を塗り替えた。
先立って検察は、ソ前室長がイ氏の殺害・焼却事実を隠蔽しようとするなど刑法上職権乱用疑惑があると見て令状に記載した。国防部と国情院はイ氏死亡翌日の2020年9月23日午前1時、関係長官会議が終わった直後、軍情報関連報告書計106件を削除したが、検察はソ前室長の指示があったと見ている。当時、国防部は午後1時30分頃、北朝鮮に送った伝達文で「行方不明者が発見されれば、韓国側に知らせてほしい」とし、前日すでに殺害・焼却の事実を認知したという点を除外した。
また、海洋警察がイ氏を自主的に越北と結論付けたことについては、ソ前室長に虚偽の公文書作成および行使の疑いがあると見ている。監査院によると、（2020年）9月24日、安保室は国防部に合同参謀の初度判断（自主的に越北）内容をもとに総合分析結果を作成、報告するよう指示した。
前日の23日には、安保室が海洋警察関係者にメールを送り、「船舶閉鎖回路（CC）テレビの死角地帯で靴を発見（イ氏が靴を脱いで海に飛び込み自分から北に行こうとしたと見せかけるため）し、家庭不和のため地方で一人暮らしをやっているとの2つの内容（事実でないようだ）を反映した報道文を配布するか、記者たちに自然に知らせるやり方で伝えよ」と言い、イ氏の自主越北説を裏付けるような気流を作ろうとした。
検察関係者は「安保室は被害公務員の死亡・焼却と関連した軍・海警の対応措置と被害公務員が越北したという趣旨で発表したことに核心的な役割を果たした」とし「ソ前室長は安保室をはじめ国防部・海警業務遂行の最終決定権者であり最終責任者」と話した（しかしそのまた最終責任者は文だろう）。
