地震調査研究推進本部は阪神・淡路大震災後に設置された。文科省の管轄下にある機関だが、総理大臣を本部長とし全閣僚、指定公共機関の代表者、学識経験者で構成される内閣府・中央防災会議の意見を聞かなければならない。つまり内閣府にコントロールされやすい。
島崎氏は部会長として、研究者たちのさまざまな考え方を取りまとめた経緯を法廷で詳細に述べた。地震波解析、GPS、古文書、地質、地形…異なる分野から出された意見をもとに「最も起きやすそうな地震を評価してきた」という。
しかし、この「長期評価」の公表予定日だった2002年7月31日の5日ほど前、意外なことが起きた。
事務局の前田憲二氏（文科省地震調査研究課管理官）から、島崎氏にメールが届き、そこに、内閣府の地震・火山対策担当、齋藤誠参事官補佐の文書が添付されていた。
そして、その内容は「非常に問題が大きく…今回の発表は見送りたいが、それがだめなら最低限、表紙の文章を添付ファイルのように修正してほしい」という趣旨だったというのだ。
「科学的ではない」と、内閣府の判断を訝った島崎氏は「修正文をつけるくらいなら出さないほうがいい」と反対し、言い合いになったが、結局は押し切られた。政府の有識者会議が政官に癒着した勢力の影響を避けられない構図がここにも見てとれる。
この結果、「長期評価の信頼度について」という文面が表紙に付け足されてしまった。以下は、その内容の一部だ。
今回の評価は、現在までに得られている最新の知見を用いて最善と思われる手法により行ったものではありますが、データとして用いる過去地震に関する資料が十分にないこと等による限界があることから、評価結果である地震発生確率や予想される次の地震の規模の数値には誤差を含んでおり、防災対策の検討など評価結果の利用にあたってはこの点に十分留意する必要があります。
はじめからこのような「断り書き」があったのでは、「長期評価」をなめてかかることを政府が認めているのに等しい。
中央防災会議がその2年後にまとめた防災計画でも、「長期評価」は軽視され、「過去400年間起きていないから」と対策から除外されてしまったのだ。400年間起きていないからこそ、起きる可能性が高いと考えるのが普通ではないだろうか。
「長期評価」に従えば、三陸沖から房総沖にかけての原子力施設はこれまでの想定をはるかに超える防災対策をとらねばならなくなる。島崎氏は「これが中央防災会議で決まったら困る人がいる。原子力に配慮したのではないか」と述べた。
内閣府の横やりで歪められはしたものの、「長期評価」の影響が大きかったのもまた事実である。東京電力の内部で、対策の必要性を訴える動きが出ていたのは先述した通りだ。