西本願寺には秀吉の色彩が色濃く残り、安土桃山文化の遺構が多く残されています。絢爛豪華と侘びさびの両極の建物、広間があり国宝や重要文化財を多く有しています。
東本願寺は江戸期以降の建物や文化を色濃く残し、大きく荘厳な建物が並びます。内部も絢爛豪華と云うよりはきらびやかで新しい感じです。国宝や重文の建物は無く御影堂や阿弥陀堂も登録有形文化財です。
家康が秀吉色を嫌ってか御影堂や阿弥陀堂の伽藍（がらん）配置は全く逆で、畳の向きまで違います（西本願寺の南北方向に対し、東本願寺は東西方向と異なる）。柱も「西」は角柱を使うのに対して、「東」は丸柱を使う。仏壇仏具にも違いは表れていて、「西」用はキンピカの仏壇に渋い仏具。逆に「東」用は仏壇が少し地味で仏具はキンピカ。お経も「南無阿弥陀仏」が「西」本願寺派では「なもあみだぶつ」、「東」大谷派では「なむあみだぶつ」と唱えます。
共通点は、般若心経は唱えない、線香も立てずに折って横にねかせてくゆらせます。そして意外に思われるかも知れませんが、戒名や位牌はありません。祈祷（きとう）、まじない、占いなどを否定し、おみくじ、お札、お守り、御朱印もありません。焼香の際、抹香をつまんで香炉に入れるとき、額の位置で「香をいただく」という動作をしません。お盆に特別な飾りや迎え火、送り火などはしません。
