両社の特徴
両社の特徴を以下にまとめました。

また、共通する特徴として、特定の大手半導体メーカーに売り上げが偏重していることがあります。

偏重していること自体は悪いことではないですが、これらの取引先半導体メーカーの業績が悪化すれば、つられて半導体製造装置メーカーの業績も悪化することになります。
足元では半導体の需給環境が緩んでいると言われていて、今後しばらく半導体市場は冬の時代を迎えるという見方もあります。
結局どっち?長期投資するなら
改めて長期投資対象として比べてみましょう。

単にPERで見たわけではなく、両社の中身を比較して、私が長期投資対象として選ぶのは「東京エレクトロン」です。